Dans de rares cas, des réactions allergiques (éruption cutanée) et des effets secondaires, en particulier des douleurs abdominales, des maux de tête, une irritation vaginale (brûlure, démangeaisons) peuvent être observés.
Réactions locales: le nitrate de miconazole peut provoquer une irritation vaginale (brûlure, démangeaisons), comme avec l'application intravaginale de tout autre agent antifongique à base de dérivés d'imidazole (2-6%). Si l'irritation est sévère, le traitement doit être interrompu.
Les effets systémiques se produisent très rarement, car avec l'absorption vaginale, le niveau de métronidazole dans le plasma est très faible. Les effets secondaires associés à l'absorption systémique du métronidazole incluent: réactions allergiques (rarement), leucopénie, ataxie, changements dans le psychisme (anxiété, labilité de l'humeur), convulsions, rarement: diarrhée, constipation, vertiges, maux de tête, perte d'appétit, nausées, vomissements, douleurs ou crampes dans l'abdomen, changement de goût (rarement), bouche sèche, arrière-goût métallique ou désagréable, fatigue accrue.