Du côté système nerveux et organes des sens: vertiges, maux de tête, vision floue, agitation, anxiété, nervosité, tremblements, insomnie; asthénie, paresthésie, labilité émotionnelle (larmoiement), dépersonnalisation, euphorie, dysphorie, dépression, paranoïa, troubles de la vision (diplopie, anomalie du champ visuel); troubles de la concentration, délire, crampes, somnolence, perte auditive transitoire, hyperacousie, acouphènes; des cas de crises convulsives chez des patients souffrant d'épilepsie ou de lésions hépatiques sévères (en particulier après un traitement prolongé par des benzodiazépines ou en cas de surdosage mixte); il y a des rapports que dans les patients présentant des désordres de panique dans l'anamnèse, l'administration de flumazenil peut déclencher une attaque de panique.
Du côté Système cardiovasculaire et sang (hématopoïèse, hémostase): palpitation; dilatation des vaisseaux de la peau, rinçage du sang au visage.
Du côté organes du tube digestif: bouche sèche, nausée, vomissement.
Autre: ataxie, dyspnée, hyperventilation, douleur au site d'injection, transpiration; thrombophlébite, éruption cutanée; après l'administration rapide de flumazénil - anxiété, palpitations, un sentiment de peur.