Dans les premiers jours de traitement par l'hexamidine, la somnolence, le vertige, le mal de tête, l'ataxie, la nausée sont possibles. Ces phénomènes passent généralement d'eux-mêmes.
Avec une longue réception possible:
- du système nerveux: apathie, anxiété, réactions psychotiques; nystagmus (rarement);
- du système d'hématopoïèse: leucopénie, lymphocytose, anémie;
- Autre: syndrome lupique, arthralgie; dépendance à la drogue; carence en acide folique;
- réactions allergiques.