Magadrat n'est pas absorbé dans le tractus gastro-intestinal (GIT). Pendant le processus de neutralisation, les acides libèrent de petites quantités d'ions de magnésium et d'aluminium qui, une fois passés dans l'intestin, se transforment en phosphates difficilement solubles et sont ensuite excrétés par l'intestin. Certains des ions sont aspirés. Il a été observé une augmentation du taux d'ions aluminium dans le plasma sanguin, même chez les patients ayant une fonction rénale normale. L'utilisation à long terme de préparations contenant de l'aluminium peut entraîner une diminution de l'absorption du phosphate.