En doses préventives, les patients sont généralement bien tolérés méfloquine, il provoque rarement des effets secondaires graves (plus souvent en prenant des doses thérapeutiques), mais le diagnostic différentiel des effets secondaires de la méfloquine et les symptômes du paludisme aigu peuvent être difficiles.
Sang: leucopénie, leucocytose, thrombocytopénie.
Système cardiovasculaire: extrasystole, labilité de la pression artérielle, collapsus vasculaire, tachycardie, palpitations, bradycardie, arythmies, blocage auriculo-ventriculaire, effet de type quinidine sur le cœur.
Système digestif: nausée, vomissement, diarrhée, douleur abdominale, diminution de l'appétit.
Système nerveux: vertiges, maux de tête, convulsions, dépression (nécessite l'abolition de la méfloquine), états psychotiques ou paranoïaques, somnolence, insomnie (6% des patients lors de l'utilisation de doses thérapeutiques), cauchemars, neuropathie, paresthésie, anxiété, troubles de la mémoire, confusion (nécessite l'abolition de la méfloquine), hallucinations, encéphalopathie.
Peau: éruption cutanée, exanthème, alopécie.
Organes des sens: troubles visuels, acouphènes, troubles vestibulaires et labyrinthiques.
Réactions allergiques: urticaire, prurit, érythème exsudatif multiforme (y compris le syndrome de Stevens-Johnson).
Autres: crampes musculaires, myasthénie, myalgie, arthralgie, asthénie, faiblesse, fièvre, frissons, augmentation de l'activité transaminase, hypercreatininémie.