Bei topischer Anwendung: Nebenwirkungen sind nicht identifiziert. In einigen Fällen sind allergische Reaktionen und lokale Reaktionen möglich.
Die Nebenwirkungen, die mit der systemischen Resorption von Metronidazol verbunden sind, umfassen: allergische Reaktionen (selten), Leukopenie, Ataxie, Veränderungen der Psyche (Angstzustände, Stimmungslabilität), Krämpfe; selten: Durchfall, Verstopfung, Schwindel, Kopfschmerzen, Appetitlosigkeit, Übelkeit, Erbrechen, Schmerzen und Bauchkrämpfe, Geschmacksveränderungen (selten), trockener Mund, metallischer oder unangenehmer Nachgeschmack, erhöhte Müdigkeit.