In der Regel bei kurzfristiger Nutzung Natriumpicosulfat hat praktisch keine Nebenwirkungen. Nebenwirkungen entwickeln sich bei längerem Gebrauch des Medikaments.
Aus dem Verdauungssystem: Verschlimmerung der Verstopfung, Megakolon. Mit zunehmenden Dosen - Koliken, Durchfall, Darmkrämpfe.
Von der Seite des Stoffwechsels: Verstoß gegen Wasser-Elektrolyt-Gleichgewicht, Dehydrierung, Hyponatriämie.
Von der Seite des Herz-Kreislauf-Systems: Senkung des Blutdrucks.
Aus dem Nervensystem: Krämpfe.