Nebenwirkungen von Ethionamid werden durch den Magen-Darm-Trakt, Leber, Haut, endokrine und Nervensystem manifestiert.
Aus dem Magen-Darm-Trakt: Appetitlosigkeit, Übelkeit, Erbrechen, Mundtrockenheit oder Hypersalivation, ein "metallischer" Geschmack im Mund. Nach dem Entzug der Droge neigen diese Phänomene dazu, schnell vorüberzugehen.
Oft während der Behandlung gibt es eine Erhöhung der Aktivität von "Leber" Transaminasen. Seltene Verletzungen der Leberfunktion mit Anzeichen von Hepatitis und Gelbsucht sind selten. Hepatotoxizität der Droge hängt von den bestehenden Verletzungen der Leberfunktion, wie Leberschäden aufgrund von Alkoholismus oder nach der Operation. Diese Nebenwirkungen werden besonders bei Kombinationstherapie mit Isoniazid, Rifampicin und Pyrazinamid beobachtet.
Hautreaktionen sind selten, in einigen Fällen beschriebene pellagropfartige Reaktionen in Kombination mit Verletzungen des zentralen Nervensystems.
Manchmal gibt es Verstöße gegen das endokrine System. Zusammen mit der Entwicklung von Hypoglykämie (eine Abnahme der Blutzuckerwerte von weniger als 50 mg%) bei Patienten mit Diabetes, beschrieben die Entwicklung von Gynäkomastie (eine Zunahme der Brustdrüsen bei Männern). Selten gibt es eine Verletzung des Menstruationszyklus und Impotenz, sowie Hypothyreose (eine Abnahme der Schilddrüsenfunktion).
Ethionamid kann manchmal Störungen im peripheren und zentralen Nervensystem verursachen. Die Einnahme von Ethionamid kann Schwindel, Kopfschmerzen, Schwäche, Konzentrationsstörungen, psychische Störungen verursachen. Selten, Optikusneuritis, Tachykardie.