Blut: Leukopenie, Thrombozytopenie, Anämie.
Atmungssystem: Husten, Atembeschwerden, Pharyngitis, Rhinitis, Infektionen der oberen Atemwege.
Verdauungssystem: Magen-Darm-Blutungen, Mukositis, Bauchschmerzen, Übelkeit, Erbrechen, Durchfall, Verstopfung.
Harnsystem: Erhöhung der Konzentration von Harnsäure im Blut und Urin, Änderung der Farbe des Urins zu blau-grün, Harnwegsinfektion.
Nervöses System: epileptische Anfälle, Kopfschmerzen, schwere Neurotoxizität (Lähmung) mit falschem Einführen in die Zerebrospinalflüssigkeit.
Ein Herz: Kardiotoxizität mit der Entwicklung von Herzrhythmusstörungen und Kardiomyopathie.
Leder: Alopezie, Nekrose von Geweben während der Extravasation, Phlebitis.
Überempfindlichkeit (selten): allergische Reaktionen (Hautausschlag).
Fortpflanzungsapparat: Mitoxantron Ursachen Unterdrückung von Gonaden (oft - Amenorrhoe, Azoospermie, Menorrhagie), vor allem in Kombination mit alkylierenden Mitteln. Effekte hängen von der Dosis und Dauer der Behandlung ab, können irreversibel sein.
Kanzerogenität (Mutagenität): Bei der Behandlung von vielen Antitumormitteln ist die Entwicklung von sekundären Tumoren möglich. Es ist unklar, ob dieser Effekt mit ihrer mutagenen oder immunsuppressiven Wirkung zusammenhängt. Die Wirkung verschiedener Dosen und die Dauer der Behandlung auf das Risiko der Entwicklung von sekundären Tumoren ist unbekannt, aber es wird wahrscheinlich mit längerer Behandlung und in Kombination mit alkylierenden Mitteln zunehmen. Mitoxantron kann bei Tieren zu Chromosomenaberrationen und in bakteriellen Systemen zu Mutagen führen. Verursacht DNA-Schäden in vitro.
Andere: Konjunktivitis, Bläuung der Sklera, Asthenie, Gelbsucht, erhöhte Aktivität der hepatischen Transaminasen, Bilirubinkonzentration im Blut (Hinweis auf Hepatotoxizität).