Für Phosphomycin ist eine minimale Toxizität charakteristisch; Therapie wird meist gut vertragen, unerwünschte Arzneimittelreaktionen sind selten.
Allergische Reaktionen: Urtikaria, Schüttelfrost oder Fieber, Hautausschlag, Juckreiz, Husten, Bronchospasmus, sehr selten - anaphylaktischer Schock (<1%).
Aus der Leber und den Gallenwegen: eine Verletzung der Leberfunktion in Form einer progressiven Steigerung der Aktivität von Alanin-Aminotransferase, Aspartam-Aminotransferase, alkalische Phosphatase, Lactat-Dehydrogenase und Serum-Bilirubin-Konzentration, sehr selten Gelbsucht.
Aus dem Verdauungssystem: Durchfall, selten - Stomatitis, Übelkeit, Erbrechen, Bauchschmerzen, Anorexie.
Auf Seiten des Blutsystems: Granulozytopenie, Eosinophilie, Leukopenie, sehr selten - Anämie, Thrombozytopenie, Panzytopenie und Agranulozytose (<1%).
Von der Seite des Harnsystems, selten - Nierenfunktionsstörung, erhöhte Harnstoffkonzentration im Blut, Proteinurie, Ungleichgewicht der Elektrolyte (Natrium und Kalium).
Aus dem Nervensystem: Schwindel, sehr selten - Krämpfe (wenn in hohen Dosen verabreicht).
Lokale Reaktionen: Zärtlichkeit entlang der Vene, in die die Injektionen gemacht werden, selten - Phlebitis.
Andere: selten - Kopfschmerzen, Durst, Fieber, Unwohlsein, periphere Ödeme, ein Gefühl von Unbehagen in der Brust, ein Gefühl der Quetschung in der Brust, Herzklopfen