Nebenwirkungen von Protionamid zeigen sich im Gastrointestinaltrakt, in der Leber, der Haut, im endokrinen System und im Nervensystem.
Auf Seiten des Magen-Darm-Traktes: Appetitlosigkeit, Übelkeit, Erbrechen, Trockenheit oder Hypersalivation, metallischer Geschmack im Mund. Nach dem Drogenentzug gehen diese Erscheinungen in der Regel schnell durch.
Während der Behandlung kommt es häufig zu einem Anstieg der Transaminasen im Blut. Seltene Verletzungen der Leberfunktion mit Anzeichen von Hepatitis und Gelbsucht sind selten. Die Hepatotoxizität des Medikaments hängt von bestehenden Leberschäden ab, wie Leberschäden aufgrund von Alkoholismus oder nach einer Operation. Diese Nebenwirkungen werden besonders in der Kombinationstherapie mit Isoniazid, Rifampicin und Pyrazinamid bemerkt.
Hautreaktionen sind selten, in einigen Fällen pellagro-ähnliche Reaktionen, mit einer Kombination von Hauterscheinungen und Störungen des zentralen Nervensystems.
Manchmal gibt es Verstöße gegen das endokrine System. Zusammen mit der Entwicklung von Hypoglykämie (eine Abnahme des Blutzuckers von weniger als 50 mg%) bei Diabetikern wird die Entwicklung von Gynäkomastie (ein Anstieg der Brustdrüsen bei Männern) beschrieben. Selten gibt es eine Verletzung des Menstruationszyklus und Impotenz, sowie Hypothyreose (eine Abnahme der Schilddrüsenfunktion).
Prothionamid kann selten das periphere und zentrale Nervensystem schädigen.
In Kombination mit Isoniazid werden Fälle von Polyneuropathie beschrieben.Die Einnahme von Protionamid kann Schwindel, Kopfschmerzen, Schwäche, Konzentrationsstörungen, psychische Störungen verursachen. Selten, Optikusneuritis, Tachykardie. Gleichzeitiger Empfang anderer Antituberkulose-Medikamente auf das zentrale Nervensystem, wie z Isoniazid und Cycloserin, kann zu einer Zunahme der Nebenwirkungen aus dem zentralen Nervensystem führen. Der gleiche Effekt kann einen gleichzeitigen Empfang von Alkohol haben.
In einigen Fällen werden allergische Reaktionen und Erkrankungen des Knochenmarks beschrieben.